PCA analizinin nasıl çalıştığını gösteren interaktif simülasyon

PC1 — ana varyasyon ekseni PC2

Simüle edilmiş PCA

Her nokta bir bireyi temsil eder. Genetik olarak benzer bireyler bir arada kümelenir.

PC1 (yatay eksen) en büyük genetik varyasyonu yakalar — genellikle coğrafi/kıtasal farkı temsil eder.

PC2 (dikey eksen) ikinci en büyük varyasyonu yakalar.

Noktalar rastgele üretilmiştir; gerçek bir veri setini göstermez. Kümeler arasında duran bireyler karışımla uyumludur, ama karışmamış bir nüfus da arada görünebilir.

Nasıl okunur: Turuncu noktalar (“Türkiye” etiketli kurgusal bireyler) öteki kümelerin arasında durur. Bu konum karışımla uyumludur ama onu tek başına kanıtlamaz: kümeler arasında karışmamış bir nüfus da görünebilir ve eksenlerin yönü hangi nüfusların ne kadar örneklendiğine bağlıdır. Karışım iddiası f3 ya da qpAdm gibi biçimsel testlerle sınanır. Grafikte yakın noktalar genetik olarak benzer bireylerdir; ama uzaklıklar yalnız ilk iki eksende görülen farkı gösterir.